Die Klempner-Brüder Mario und Luigi aus Brooklyn helfen der Stadt New York bei der Reparatur an einer Wasserleitung - als sie plötzlich durch eine grüne Röhre gesaugt werden. Sie finden sich an verschiedenen Orten des Pilz-Königreichs wieder. Auf der Suche nach seinem Bruder trifft Mario unter anderem Prinzessin Peach und Fiesling Bowser...