Außerirdische attackieren den Planet Erde und verwüsten ihn. Die Überlebenden flüchten sich unter die Schutzschilde der letzten Großstädte. Für die Wissenschaftlerin Aki Ross beginnt ein Rennen gegen die Zeit, denn die Aliens saugen die menschliche Lebenskraft auf, um alles Leben auszulöschen. Nur wenn sie rechtzeitig die acht Spirits vereinen kann, lässt sich apokalyptische Treiben stoppen.